Miegėnų pradinė mokykla buvo įkurta 1942 metų rugsėjo mėnesio 1 dieną buvusiame Račkauskų–Girštautų dvare. Mokyklai buvo atiduotas vienas kambarys, kituose gyveno dvarininko šeima.

Pirmasis mokytojas Juozas Gineitas mokė apie 40 mokinių, tarp kurių buvo Jonas Bajorūnas, Marytė Lukšienė, dabar gyvenantys Miegėnuose.

Po dvejų mokslo metų pirmąjį mokytoją pakeitė p. Vinčaitė. Ketvirtų mokslo metų viduryje ji išvyko į Lenkiją ir mokykla liko be mokytojos. Mokiniai, norėdami baigti 4 klases, lankė mokyklą Paberžėje.

19461947 m.m. mokytojauti atvyksta p. Eibokas, mokiniai vėl pradeda lankyti Miegėnų pradinę mokyklą.

Apie 1947–1948 m., išvežus dvarininko šeimą, Račkauskų–Girštautų dvare  įsikūrė kolūkio raštinė, skaitykla, parduotuvė. Mokyklai vietos neliko.  Ji buvo perkelta į namą, kuriame gyveno Martinaičiai su dviem dukterimis. Viena jų – E. Martinaitytė dirbo mokytoja apie 10 metų. Vėliau, išvežus  šeimą į Sibirą, namą pardavė nugriovimui. Pradinė mokykla buvo  perkelta į Amerikonynę.

1957 m. mokykloje mokėsi apie 90-100 mokinių.

1962 m. po  kapitalinio remonto visas Račkauskų–Girštautų dvaro pastatas pritaikytas septynmetei mokyklai.

Nuo 1957 m. mokyklai vadovavo Antanas Perednis, Bronė Sejonienė, Mečislovas Kutėla, Henrika Liaudanskienė, Aldona Knezevičienė, Vitalija Šarkienė.

Nuo 2003 m. mokyklai vadovauja Dalia Cechanavičienė.

1987 m. rugsėjo 1 dieną Miegėnų nepilnoji vidurinė mokykla, kurioje  dirbo 13 mokytojų, mokėsi 82 mokiniai, persikėlė į naują pastatą.

1997 m. prie mokyklos atidengtas paminklinis akmuo.

1998 m. rugsėjo 1 dieną prie mokyklos esančiame akmenyje iškaltas Miegėnų vardo paminėjimo istoriniuose šaltiniuose bei mokyklos įkūrimo datos. Mokykloje pradėjo veikti bufetas.

2000 m. įrengta kompiuterių klasė.

2001 m. įsteigta priešmokyklinio ugdymo grupė.

20032004 m. m. išleista pirmoji dešimtokų laida.

2003 m. mokykloje duris atvėrė erdvi valgykla.

20162017 m. m. mokykloje dirba 21 mokytojas, sukomplektuota mišri priešmokyklinio ugdymo grupė ir po vieną 110 klasių komplektą.